La génomique
La génomique
La sélection génomique en race charolaise
La sélection génomique est une méthode de sélection qui s’appuie sur une évaluation du potentiel des animaux à partir de marqueurs moléculaires couvrant tout le génome. Obtenus par des prélèvements d’échantillons biologiques (sang, peau, cartilage…). Cette science permet de prédire la valeur génétique d’un animal dès sa naissance en comparant son génotype à ceux d’une population de référence dont les performances sur descendance sont connues.
A partir de ces résultats, des équations de prédictions sont établies pour permettre une sélection précoce. La fiabilité de ces résultats repose sur l’effectif de la population de référence. Plus elle sera importante plus le CD (Coefficient de Détermination) sera élevé. Par ailleurs, cette technique permettra l’évaluation de nouveaux critères qui étaient difficiles à quantifier par les méthodes conventionnelles. Depuis que les outils de génotypage sont disponibles, la sélection génomique s’est développée très rapidement chez les bovins laitiers : elle constitue une innovation de rupture qui a mis fin au testage sur descendance. Elle s’étendra à l’avenir, sans doute, dans toutes les espèces mais à des degrés divers en fonction de son intérêt économique. L’intérêt est d’autant plus important que l’intervalle de génération est long, la valeur d’un reproducteur élevée et la collecte de performances difficile ou coûteuse. Les principaux enjeux dans le futur seront les suivants : réduire les coûts pour favoriser le développement à grande échelle ; élargir le panel de caractères sélectionnés aspects liés au vêlage, comportement et résistance aux maladies.
Le programme GEMBAL :
Le programme GEMBAL (GEnomique Multi-race des Bovins Allaitants et Laitiers), est un programme de recherche multiracial qui vise à poser les bases techniques nécessaires au développement d’une sélection génomique en bovins laitiers et allaitants. Pour ces derniers, GEMBAL porte sur les caractères évalués par le système IBOVAL. Il permet de conforter la fiabilité et d’améliorer la précocité de diffusion de ces index. Ce projet est mené par un consortium réunissant l’INRA, APIS GENE, l’Institut de l’Elevage, ALLICE et Races de France (qui assurent la représentation du Herd Book Charolais).
Des travaux de recherche conséquents ont été menés en 2013 avec notamment la réalisation de près de 3 000 génotypages en race Charolaise. Afin de préserver la base de sélection historique qui a permis la mise en place de ces évaluations, les populations cibles suivantes ont été définies :
-
Femelles des troupeaux en contrat de contrôle de performances VA4
-
Mâles inscriptibles au livre A, c’est-à-dire de parents inscrits au A
Le programme DEGERAM
Le programme DEGERAM (DEveloppement de la GEnomique pour les Races du Massif Central) est multiracial. Outre la Charolaise, la race Limousine et les différentes races du collectif des races locales de Massif sont également parties prenantes de ce programme.
L’objectif est d’améliorer les troupeaux CHAROLAIS à travers une production durable et répondant à des objectifs économiques (de réduction des coûts de production), de qualité de vie de l’éleveur, de productivité du troupeau (réduire le taux de mortalité, meilleure vigueur des veaux).
Ce projet permettra de travailler sur des caractères économiques liés à la «viabilité des veaux », en vue d’une évaluation génomique notamment sur les caractères périnataux :
- Vigueur des veaux à la naissance
- Viabilité des veaux
- Aptitude des veaux à téter
- Santé des veaux
- Qualité du colostrum
- Instinct maternel, comportement
Les objectifs du programme, visant à répondre aux attentes des éleveurs et de l’ensemble des acteurs de la filière, sont les suivants :
- Développer des outils génomiques pour accélérer la sélection
- Organiser un réseau d’élevage de référence pour collecter les performances Augmenter le nombre de caractères génétiques évalués chez les animaux Charolais, notamment sur la viabilité des veaux
- Élaborer une base de données accessible aux différents partenaires du programme
- Rechercher des marqueurs génomiques associés aux phénotypes pour développer des outils génomiques d’aide à la sélection en race Charolaise
- Conforter les résultats du programme GEMBAL
Il s’agit bien d’un programme de recherche. La phase de collecte de phénotypes est en cours. Les premiers résultats sont attendus pour fin 2016.
Le HBC et la génomique
A travers les programmes GEMBAL et DEGERAM (1ers programmes de recherche raciaux et nationaux en races à viande), le HBC est impliqué depuis 2009, dans la sélection génomique. Aujourd’hui, le HBC fait partager sa position vis à vis de cette nouvelle technologie.
En effet, le HBC a travaillé pour apporter toutes les garanties nécessaires aux éleveurs et un service de bon rapport qualité/prix à ses adhérents.
Le HBC souhaite garantir la fiabilité des résultats.
La première composante à garantir aux éleveurs est la fiabilité des résultats et que celle-ci soit facilement identifiable par les éleveurs. La fiabilité passe essentiellement par la taille de la population de référence (animaux servant d’étalonnage grâce à des phénotypes mesurés sur ascendance et descendance traduits en index avec un bon CD).
5000 animaux charolais ont été génotypés. Des efforts collectifs sont engagés au sein de Charolais France à l’initiative du Herd Book Charolais, c’est donc 1000 taureaux supplémentaires qui seront génotypés pour augmenter la population de référence et ainsi accroître les gains de précision.
Le HBC a attendu que les règles de diffusion soient définies par France Génétique Elevage.
La fiabilité des index est une chose, la diffusion en est une autre. Aujourd’hui les règles de diffusion sont définies par France Génétique Elevage . Il s’agit d’un des motifs qui a incité le HBC à la prudence. Comment vendre un test à un éleveur sans savoir sous quelle forme il disposera des résultats? Un pré-requis indispensable pour le HBC : diffuser un index officiel accompagné d’un indicateur de précision.
Le HBC à l’écoute de l’INRA et de l’association des Eleveurs Prim Holstein qui utilisent déjà cette technologie.
Les prim Holstein utilisent cette technologie depuis 2000. Aujourd’hui le HBC se nourrit de l’expérience des Prim Holstein et de l’avis d’experts neutres de l’INRA. Leurs expériences et points de vue permettent au HBC d’avancer sereinement et de mettre au coeur de sa réflexion les intérêts de l’éleveur.
Découvrez l’offre génomique HBC . Elle est unique sur le marché et répond aux attentes des éleveurs.